但是就是这样这成吉思汗陵在历史的动荡之中也经历了不少的波折，成吉思汗陵寝不是一直在鄂尔多斯伊金霍洛旗，在1939年，成吉思汗陵寝曾经西迁至甘肃省榆中县兴隆山。
1937年“七?七”事变后，日本侵略者在“欲征服中国，必先征服满蒙”的政策驱使下，相继占领内蒙古西部大部分地区后，于当年10月下旬在归绥成立了伪蒙古联盟自治政府，将归绥改名为“厚和浩特市”。
这时，日本侵略者看到成吉思汗陵在蒙古族中具有极为崇高神圣的地位，便想以成吉思汗陵作为一种筹码来要挟蒙古族的王公贵族，以实现继建立伪满洲国后，让蒙古族成为日本侵略者fenl中国的又一个目标，便在1939的春天打起了成吉思汗陵的主意。
当时，日本军方面秘密派遣间谍潜入了内蒙古伊克昭盟（现鄂尔多斯市）境内，假扮蒙古人偷偷会见了各旗的王爷，并想说服他们支持日本军方将成陵搬迁到日占区。还要与会的各旗王爷一起去绥远，被以伊克昭盟盟长沙王为代表的各旗王爷断然拒绝。
日本人看这个提议被拒绝，就威逼此前奉命到包头假投降的伊克昭盟副盟长阿王写信给沙王，“既然你们不想迁成陵，那就把成吉思汗的兵器‘苏勒德’请到包头祭祀。”以达到把全内蒙古人笼络到伪蒙zhengquan周围的目的。
沙王制造了一个假的“苏勒德”送到包头，这样才堵住了日本鬼子的嘴。然而，凭借当时驻扎在伊盟的国民党的一些游杂部队，以及各旗保安部队，这点力量根本无法与日军抗衡，成吉思汗陵的安全仍然受到威胁，因而有了“成吉思汗陵西迁”之举。
真是因为历史中不断的变迁随意对于成吉思汗陵墓准确的位置一直是有争议的。对于成吉思汗墓地的具体位置，多年来大致形成了4种说法：一是位于蒙古国境内的肯特山南、克鲁伦河以北的地方；二是位于内蒙古鄂尔多斯市鄂托克旗境内；三是位于xingjiang北部阿勒泰山；四是位于宁夏境内的六盘山。700多年来，一直没有找到成吉思汗陵的主要原因是元朝皇家实行的是密葬制度，即帝王陵墓的埋葬地点不立标志、不公布、不记录在案。
在蒙古国肯特山的依据是，有关史料记载，成吉思汗生前某日，曾经在肯特山上的一棵成吉思汗陵榆树下静坐长思，而后忽然起立，对手下随从说：“我死后就葬在这里。”南宋文人的笔记中也记载，成吉思汗当年在宁夏病逝后，其遗体被运往漠北肯特山下某处，在地表挖深坑密葬。其遗体存放在一个独木棺里。所谓独木棺，是截取大树的一段，将中间掏空做成棺材。独木棺下葬后，墓土回填，然后“万马踏平”。
在鄂尔多斯市鄂托克旗境内的依据将在后文中详细表述。
在xingjiang北部阿勒泰山脉所在的清和县三道海附近的依据是有考古专家在该地发现了一座人工改造的大山，推测有可能是成吉思汗的葬身陵墓。佐证之一是马可?波罗在他所著的《马可?波罗游记》中写道：“在把君主的灵柩运往阿勒泰山的途中，护送的人将沿途遇到的所有人作为殉葬者。”
在宁夏六盘山的依据则是，有记载说，成吉思汗是1227年盛夏，攻打西夏时死于六盘山附近。有考古专家据此认为，按照蒙古族过去的风俗，人去世3天内就应该处理掉，或者天葬，或者土葬，或者火化，为的是怕尸体腐烂，灵魂上不了天堂。因此，成吉思汗去世后就地安葬的可能性很大。
数百年来，一代天骄成吉思汗死后安葬的地点一直是个谜。哈萨克斯坦历史学家弗拉基米尔?奥斯科尔科夫日前在接受记者采访时称，据他考证，成吉思汗死后被葬于哈萨克斯坦。他透露，已向有关部门提出前往相关地点进行实地勘探的要求。这给本已扑朔迷离的成吉思汗墓地之谜又增添了一种说法。
而据奥斯科尔科夫考证，成吉思汗的墓地位于哈萨克斯坦境内的列宁诺戈尔斯克地区(旧称“里杰尔”)。
奥斯科尔科夫说，成吉思汗在生前曾亲自指定阿尔泰山脉一处人迹罕至的地方，作为自己将来的安葬之地。据奥斯科尔科夫考证，此地就在哈萨克斯坦境内的列宁诺戈尔斯克地区(旧称“里杰尔”)。考古学家曾在那里发现了石器时代的人类遗迹，却没有发现青铜器时代和铁器时代的人类遗迹。奥斯科尔科夫认为，这很可能是人为所致，即那里被人为划定成了禁区。他由此判定，这就是所谓的“成吉思汗墓地禁区”。
一位蒙古学专家预言，成吉思汗的陵墓里可能埋藏着大量奇珍异宝，里面的工艺品甚至比秦始皇陵出土的兵马俑还要壮观。这并非危言耸听。成吉思汗的陵墓里可能埋藏着他东征西讨，从20多个王国得来的无价珍宝，这也是吸引考古界多年来前赴后继、苦苦寻觅的原因。
据国内外多家媒体报道，2000年8月，美国的探险家、亿万富翁穆里?克拉维兹率领他的由科学家、考古教授和翻译组成的考古探险特别小组信心十足地来到乌兰巴托寻找成吉思汗陵墓。克拉维兹的计划起先遇到蒙古政府的抵制，后来他几乎拿出了自己的全部积蓄，在蒙古生活了6年，才说服了蒙古政府并吸引了两位著名的当地历史学教授加入探险。
2001年8月16日，克拉维兹的考古队在乌兰巴托东北300多公里处的森林中发现了一个城墙环绕的墓地，里面包括几十座没有打开过的陵墓。探险队由此向外界宣布“找到了成吉思汗的陵墓”，但后来被证明是匈奴墓。
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