其实在理念上，和查克拉盔甲、还有北方联盟正在研发的“查克拉生产工具”有相似之处。
然而阿修罗的计划还没有实现，因陀罗就已经和他反目，两人一番大战之后，阿修罗也已经没有时间完成计划，只来得及完成“内核”。
二代忍宗首领阿修罗死亡之后，天下越来越多的人，开始思考究竟阿修罗、因陀罗谁才是对的？又或者都是错的？
继承了忍宗首领位置的三代，威信已经不足以令天下人信服，人类也进入了征战不休的年代，忍术渐渐出现……
而随着战争的加剧，可以直接保护自己、保护身边的人的个人力量，更加能够显现出重要性，而迷信个人力量的结果，又会导致战争的加剧。
看着进入了恶性循环、战争不断的忍界，三代首领重新开始进行“忍宗之心”的计划，希望从一座城市开始，渐渐令忍界恢复秩序。
然而因为三代首领对这种力量并不是很了解，最终完成的“忍宗之心”，不仅能够将同伴间的羁绊与信任转化为能量，还能够吸收并转化人类的绝望与憎恨……
而且无论在什么时代，显然想要获得“绝望”与“憎恨”，远比获得“羁绊”与“信任”要容易！
尤其是在当时的年代，绝望与憎恨遍地都是……
急于获得实力的三代首领，并没有认识到这样有什么不妥，一面吸收着绝望与憎恨转化而来的力量，一面想要结束绝望与憎恨。
然而在这种人类的黑暗面所带来的力量，却也在三代首领不知不觉间，对他的精神造成着影响，最终变成了与他自己最初的理想，所完全相反的模样，绝望与憎恨不但吞噬了三代首领和他的同伴，而且还险些毁灭了忍界。
三代首领唯一能做的，就是在最后的理智下，将同样受到了不小影响的“忍宗之心”和天空城沉入地下，以免继续吸收负面情绪。
而他自己却已经成为了以负面情绪喂食粮的怪物……
最终战乱中的人类联合了起来，将已经暴走的三代首领封印，忍宗也彻底消失……
从客观上三代首领的确暂缓了忍界的纷乱，因为联手制止三代首领的暴走，还有在这一战中过大的伤亡，令忍界安稳了一段时间，人们也不再单人、或是三五成群的战斗，渐渐开始出现了以血缘关系为纽带的“家族”。
一面修养这生息，一面进入着战国时代开启的倒计时……
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