随后，最高军事当局根本不顾敌强我弱的总体形势，一意孤行强行调集全国各处大军在徐州附近开始集结，企图与日军决战，因而使会战在后期陷于被动。尽管如此，这次会战也大大的消耗了日军有生力量，迟滞了日军进攻速度，为随后的武汉保卫战赢得了时间。
整个徐州会战，日军前后共动用8个师、5个旅约30万人。萧家军以及、国军部队前后有70个师约100万人，从四月初到九月份前后历时5个月。这次会战钳制和消耗了日军有生力量，除了给了日军以巨大打击外，还迟滞了日军进攻速度，此战最重要的影响在于使中国人民相信自己有击败日本的能力。
1938年9月，根据萧飞的决定，玄武师驻守的临沂开始在在沂（水）蒙（阴）地区成立根据地并成立了萧家军驻防山东守备司令部，统一指挥山东的萧家军各部队。在萧家军的带领下各地的武装开始在冀鲁边、鲁西、胶东、鲁东、鲁中、鲁东南、湖西、苏皖边等地广泛开展游击战争，开辟了新的地区，扩大了根据地。年底玄武师下辖有8个加强团5W余人，3个预备团2W余人、5个辎重大队2W余人。总计9W余人。
在短短半年多的时间里，从菏泽一带到鲁西平原、从冀鲁边区到苏鲁豫皖边区，再到临沂、日照一带，大片的山东南部土地落入萧飞的控制之中。萧飞为加强对军队的绝对领导，将萧家军各部分配来的一批有作战经验的干部分配到各支队担任领导工作，对部队进行了初步整顿，调整和配备了各级领导骨干，加强了萧飞对部队的绝对领导，从而加速了山东抗日武装的正规化建设。这些由萧飞领导的抗日武装，土生土长，由小到大，由弱变强，到1938年底已发展到二十万之众，为萧飞进一步收复山东提供了必要的武装力量。
此后经过半年多的发展，萧飞通过美国驻河南的领事关系大批购买了包括重型榴弹炮、山炮在内的重各种口径的10余条火炮生产线！加上购买的火炮数量，现在萧家军的整体实力扩大了2倍之多。
经过统计青龙师已有近12W部队，玄武师有9万的部队，朱雀师、白虎师2个师团也有18W之众！1938年11月29日萧家军在临沂河南洛阳召开了军事整改大会，萧飞重新调整了兵力部署。
“各位军官、各位弟兄们！我很高兴能在这里再一次看见你们！跟你们欢聚一堂！”萧飞开始了演讲。
“啪啪啪！”“啪啪啪！”底下坐着的士兵、军官们纷纷鼓起掌来。“弟兄们！经过半年多的发展，咱们萧家军从最初的民团几万人发展到了现在的几十万部队！这里面都是你们的功劳！虽然我们萧家军在临沂、台儿庄一带损失惨重！但是我们打胜了！你们都是好样的！”萧飞顿了顿。底下再次响起来热烈的掌声。
“弟兄们！由于我们的部队增速过快，已经大大超过了我们预期的目标！表面上我们虽然隶属于国军，但是我们决不是他们一些人手里的旗子！所以从现在起，我宣布河南、山东2省虽然归属国民政府，但是我们的各项措施都将会有我们自己决定！根据军部的计划、部署！现在起，我宣布：我们萧家军底下的4个师全部改为军一级番号！具体的由候再参谋长宣布！”萧飞喝了一口水坐了下去。
“什么？我们自己决定？“将军那不是我们自己独自自治了？”“是啊！将军！”底下的人一听自己要独自了，个个议论纷纷。
“弟兄们！听我说！我们不是自治，我们在山东、河南的各项指令我们说了算！谁也别想管到我们！但是我们表面还是属于国民政府管理！但是在这2个地方我们说了算！谁要是欺负我们咱们就狠狠的揍他！”萧飞挥挥手示意大家安静补充说道。
“哈哈！这样啊！太好了！那以后我们就不用鸟那些国民政府了！”“就是！以后我们还不是想怎么干就怎么干！”士兵们一听是这么回事，兴奋的讨论起来。
“行了！继续听参谋长的！”萧飞喝了口水喊道，立即场面安静了下来。看见场面安静了候再起身开口道：“各位军官、各位弟兄们！下边我宣布萧家军军部第121号整改命令！
青龙师改为青龙军、白虎师改为白虎军、玄武师改为玄武军、朱雀师改为朱雀军！从现在起，每一军里面满编人数为10W人！为了方便大家理解具体的计划如下：青龙军军长张大胆，军衔为中将。玄武军军长韩春，军衔中将。白虎军军长李林，军衔中将。朱雀军军长吴升，军衔中将！川军军长王铭章，军衔中将！每一个军级单位下辖5个作战师：1师、2师、三师、4师、五师。每个师2W人，下辖4个加强团1团、2团、3团、4团，每一个团5000余人下辖5个营，团级火力为重机枪50挺、轻机枪100挺、98式毛瑟5000支、大刀2000把、手榴弹500箱、90mm轻迫击炮200门、150mm中迫击炮100门。另外每一个师额外下辖2个重型炮团1w余人：1炮、二炮。
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