看到后金退到南边，但并未离开京城，崇祯急召袁崇焕、祖大寿、满桂于平台议对军事。
崇祯先是对满桂的表现大加赞赏，对袁崇焕和祖大寿的表现却不加评论。袁崇焕不知道，此时京城内，人人都在传袁崇焕通敌，而且还列出很多证据。
比如，他杀了毛文龙，是受皇太极指使的。
比如，他不断筑城，皇太极则是轻松毁城，两人配合无间，是商量好的。
比如，这次皇太极能千里奔袭，是袁崇焕提供的路线，目的是想逼皇上与后金议和。
崇祯帝当然知道外边的传言不可信，但他心里也是对袁崇焕不满的，去年袁崇焕才对自己说过‘五年平辽’， 袁崇焕杀毛文龙，自己也替他背了黑锅，可是，袁崇焕回报给他的却是兵临城下。连崇祯帝也有些怀疑，袁崇焕是否与皇太极串通，想通过这一次兵临城下，逼他与后金议和。
崇祯帝心中也有议和的想法，但他却不能议和，因为祖宗的规定。
“建奴逗留京师，你们有什么办法将他们赶走？”崇祯帝问。
“圣上，城外我们实力不如对方，而他们对京师也无可奈何，他们抢够肯定会走，绝不可能留在这里过年。”率直的满桂说道。
崇祯帝点了点头，转头看向袁崇焕。
袁崇焕想了一下说道：“圣上，我看皇太极跟我们对战这一次，他们不敢拼得太狠，等后边援军到来之后，我再组织一次冲阵，皇太极肯定会走的。”
“后边还有多少援军？”崇祯帝又问。
袁崇焕一时无法回答，因为他也不知道会有多少。
这次军事会议让崇祯很不满意，因为他没能得到将建奴赶出京城的办法。建奴在京城附近多抢一天，就是多打他一巴掌。
四天之后，皇太极各支部队抢掠结束，修整后又重新逼回京城。
这一次，后金没有主动进攻守在城外的袁崇焕和满桂，皇太极是想看看，以京城为饵，会有多少勤王兵马扑过来。让他失望的是，除了袁崇焕这四支第一批赶来的，后边只零星来了一千多人，皇太极对这些人不敢兴趣，于是留下一万兵力驻在京城南效，自己带着大部队再一次杀向通州一线，他听说大明的军粮就在那里，既然没有勤王兵马，那这些粮食当然就归他了。
得知城外只有一万兵马，而皇太极的大部队离去之后，崇祯松了一口气。此时，城内对袁崇焕的指责更加剧烈，都快要压不住了，连出动锦衣卫都没有效果。
皇太极没有离开的时候，崇祯不敢拿下袁崇焕。如今京城压力解除，为除民愤，也是要为这一次兵临城下找一个背锅的人，崇祯准备拿下袁崇焕，因为只有他，才是最适合背锅的人。
崇祯以商议粮饷的名义，召袁崇焕入宫。
袁崇焕虽然知道京城的人对自己不满，可他不在乎，完全没有发现自己的危险处境，他带着祖大寿一起入宫。
可这一次，迎接袁崇焕的不是崇祯的笑脸，而是黑脸。
崇祯亲自细数袁崇焕的罪状：咐托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋疑则斩帅，纵兵长驱，顿兵不战，援兵四集尽行遣散，又携潜喇嘛，坚请入城。
面对这九项指控，袁崇焕只是长叹一声，没有自辩，因为他心里清楚，这时帝国需要一个替罪羊，而自己就是崇祯帝选中的最合适的人选。
看到袁崇焕沉默不语，崇祯帝冷喝道：“来人，将他交有司审定。”
袁崇焕身边的祖大寿以为这一次是来领赏钱的，可没想到自己的上司会在自己的面前，被打进死牢，他害怕得全身发抖。
将袁崇焕押下去之后，崇祯帝好言安慰祖大寿，拨了十万两银子给他打赏士兵，并让他代袁崇焕总领各路勤王兵马。
当祖大寿走出皇宫之后，他才发现自己内衣全湿，他回头看着皇宫，发誓这辈子再也不想进去了。此时祖大寿只想尽快回到锦州，回到自己的地盘，在那里，他可以主宰别人的命运，而不是留在这里被别人掌控自己的命运。
京城百姓得知袁崇焕下狱，放了三天的鞭炮。
半个月之后，皇太极得知袁崇焕下狱，竟然带着军队重新又杀回京城，他发现祖大寿已经带着关宁军逃走了，只剩下满桂的一千多人，于是他派出三千骑，冲击满桂的人马。西直门外，满桂战死。
在城下围了两天，皇太极再次撤离。没人知道皇太极是怎么想的，但京城百姓都说，皇太极这是想给皇上施压，想让皇上放过卖国贼袁崇焕。
全城百姓，没有一个人敢为袁崇焕说话。在如此民意之下，袁崇焕怎么能不死呢。
崇祯三年正月，后金军队全部撤离京城，却在回程中攻取永平、迁安、滦州、遵化四城，并派兵进驻。
崇祯三年二月，皇太极返回盛京，这一次己巳之变才宣告结束。
这一次己巳之变表明大明对后金的堡垒推进、经济封锁和外交联盟三大政策全部失败，已经完全处于守势，无力翻盘。
崇祯三年八月，袁崇焕被凌迟处死，行刑场面惨不忍睹，据《石匮书后集》记载：“割肉一块，京师百姓从刽子手争取生噉之，刽子乱扑，百姓以钱买其肉，顷刻立尽。开膛出其肠胃，百姓群起而抢之，得其一节者，和烧酒生啮，血流颊间，犹唾骂不己。拾得其骨者，以刀斧碎磔之，骨肉俱尽。止剩一首，传视九边。”
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